Hàng chục năm qua, sạt lở đã làm kênh Chợ Gạo rộng thêm gấp ba lần so với thời Pháp thuộc. Số người chết và bị thương do tai nạn ở các điểm sạt lở ngày càng nhiều. Tuyến đường huyện 25B nằm cặp kênh Chợ Gạo bị xóa sổ do nhiều nơi bị sạt lở sâu vào đất liền tới 25 - 30m.

Ngày 30 tháng 10 năm 2009, Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt dự án đầu tư nâng cấp, mở rộng toàn tuyến dài 28,5 km đạt tiêu chuẩn cấp II kỹ thuật đường thủy nội địa. Tổng vốn đầu tư dự kiến là 4.221 tỉ đồng, trong đó chi phí xây dựng 2.000 tỉ đồng, còn lại là giải phóng mặt bằng, tái định cư...

Năm 2011, dự án được khởi công dự án. Chính quyền địa phương vào cuộc kiểm kê, áp giá bồi thường và thông báo cho dân kế hoạch di dời bàn giao mặt bằng.

Năm 2013, do thiếu vốn nên Bộ Giao thông Vận tải cho thực hiện làm trước giai đoạn 1 với vốn đầu tư 787 tỉ đồng: nạo vét 17 km luồng từ rạch Lá đến rạch Kỳ Hôn; mở rộng 1/2 luồng ở phía bắc kênh; làm 12 km kè và 6,2 km đường giao thông. Phần việc này hoàn thành vào năm 2015, tạm thời ngăn được tình trạng sạt lở ở bờ bắc. Dù mới đưa vào khai thác chưa đến 3 năm tính đến năm 2018 nhưng hiện công trình nạo vét, làm kè đã xuống cấp, hư hỏng nặng. Điều đáng nói, đây là công trình được Bộ Xây dựng trao giải thưởng công trình chất lượng cao tháng 6 năm 2016.[7]

Ngày 29 tháng 1 năm 2016, Bộ Giao thông Vận tải công bố danh mục dự án đầu tư nâng cấp mở rộng tuyến kênh Chợ Gạo giai đoạn 2 bằng hình thức đầu tư BOT, nghĩa là không dùng vốn ngân sách mà kêu gọi tư nhân đầu tư rồi thu phí. Giai đoạn 2 sẽ nạo vét 1/2 luồng còn lại và làm kè ở bờ nam kênh Chợ Gạo. Tổng vốn đầu tư được xác định là 1.388 tỉ đồng. Thời gian thu phí hoàn vốn khoảng 18 năm. Thời gian thực hiện từ năm 2016 - 2018. Đây cũng là dự án đầu tư BOT đường thủy đầu tiên tại Việt Nam.

Việc Bộ Giao thông Vận tải cho đầu tư giai đoạn 2 bằng đầu tư BOT đã khiến dư luận không đồng tình. Nhiều chuyên gia cho rằng Nhà nước đã bỏ tiền làm giai đoạn 1, nhà đầu tư chỉ làm phần còn lại nhưng được hưởng trọn thành quả dự án là vô lý. Vốn đầu tư giai đoạn 2 không lớn, không phải quá sức đối với ngân sách mà phải kêu gọi đầu tư. Trước sự phản ứng của dư luận, giai đoạn 2 dự án theo đầu tư BOT bị tạm hoãn cho đến nay (năm 2018).[8]